הגירוש וההמרה הכפויים של יהודי ספרד ופורטוגל בסוף המאה ה-15 גרם לשינויים מרחיקי לכת בעם היהודי. כמעט באבחה אחת, אחד המרכזים הגדולים והחשובים קרס, רבים מהיהודים ברחו למקומות אחרים או שהתנצרו והפכו לנוצרים חדשים וחלק מהיהודים בחרו לשמור על גרעין של יהדות בסתר וכונו "אנוסים". אולם הגירוש וההמרה הכפויים גרמו לעוד שינוי משמעותי בעולם היהודי – התעוררות משיחית גדולה וציפייה לגאולה הקרובה על רקע המשבר הקשה.
על רקע זה, נולד בליסבון, פורטוגל בשנת 1500 דייגו פירס. רק שמונה שנים קודם לכן זרמו אל אותה פורטוגל יהודים רבים לאחר הגירוש מספרד, אבל כעת המלך כפה על כל יהודי הממלכה את הדת הנוצרית, ובמקביל אסר עליהם לצאת משטחה בכדי לא לאבד אותם ככוח כלכלי ואינטלקטואלי וכך למעשה יצר בכוח קבוצה משמעותית של יהודים אנוסים. פירס נולד למשפחה כזו ממש, וקיבל חינוך נוצרי על אף שככל הנראה היה מודע היטב למוצאו היהודי. בחלוף השנים השתלב היטב באליטה בפורטוגל, ושימש בתפקיד פקידותי בחצר המלך.
השינוי הגדול התרחש בשנת 1523, אז הגיע לאותה חצר אדם בשם דוד הראובני. איש לא ידע בדיוק מניין בא, ועלו השערות שהוא יהודי אשכנזי, לצד שמועות כי הגיע מחצי האי ערב. הוא היה משנה באופן קבוע את סיפור חייו, וייחס לעצמו זהויות שונות – לעתים כצאצא לבית דוד, לעתים כצאצא לעשרת שבטי ישראל האבודים, ולעתים ייחוסים אחרים. לראובני היו שאיפות צבאיות יוצאות דופן ליהודי בתקופתו – הוא ניסה לשכנע שליטים נוצריים שיקימו עבורו צבא, ויחד הם יצאו ויכבשו את ארץ הקודש מידי המוסלמים.
המפגש עם ראובני היה משמעותי במיוחד עבור פירס שנראה כי בתוך ימים ספורים החליט כי הוא חוזר ליהדותו באופן מלא. הוא שינה את שמו וקרא לעצמו שלמה מולכו. מאחר ולא היה נימול הוא החליט לבצע בעצמו את טקס ברית המילה. על פי המתואר בכמה מקורות, מלך פורטוגל היה מזועזע קשות מהאקט ומולכו נמלט מהממלכה לכיוון הבלקן. הבחירה בשם שלמה מולכו אף היא לא הייתה מקרית כלל – שלמה היה המלך שבנה את המקדש, ושם המשפחה רמז כמובן על שאיפות שלטוניות. דייגו פירס הפך כעת למקובל הצעיר בעל הנטייה המשיחית שלמה מולכו – שהחל לחזות את חישובי הקץ.
נראה שבתוך שנים בודדות מולכו כבר הפך לדמות ידועה מאד בעם היהודי. על אף שרבנים העידו עליו שלא היה איש ספר – נראה כי היה לו ידע משמעותי בקבלה. מולכו התנבא לא מעט על הגאולה שהייתה אמורה לבוא החל משנת 1530 בשלבים שונים. הוא חזה את הנפילה הקרובה של מלכות רומי – כלומר של הנצרות. יש לזכור כי היה מדובר על תקופה של התעצמות האימפריה העות'מאנית על חשבון ממלכות נוצריות, כך שלחזיונות ולתקוות המשיחיות שמולכו נטע בסביבתו היה על מה להסתמך.
בשנת 1530, אותה חזה כתחילת הגאולה, החליט מולכו לעבור לרומא ולהיפגש עם האפיפיור קלמנס השביעי בוותיקן. הכס הקדוש נפגש כמה שנים קודם לכן עם דוד הראובני שבשעתו לא הצליח לשכנע את האפיפיור להקים כוח צבאי בחסותו. מולכו קיווה כי הוא יצליח יותר והמציא דגל הרומז על שאיפותיו הצבאיות-משיחיות עם פסוקים מהמקורות. הוא חזר על הצעתו של הראובני, להקים צבא יהודי-נוצרי שיורכב בעיקר מאותם יהודים אנוסים, אשר יכבשו בחסות האפיפיור את ארץ הקודש מידי העות'מאנים. האפיפיור לא הזדרז להקים למולכו צבא משלו, אך התרשם מהצעיר הכריזמטי. קלמנס השביעי התיר למולכו להפיץ באופן רשמי את הרעיונות והנבואות שלו – אך הזהיר אותו כי עליו להימנע מדרשות אנטי-נוצריות.
כשהוא מצויד באישור רבני מצד אחד ואישור של האפיפיור מצד שני – מולכו היה יכול לגייס צבא תומכים משמעותי יותר. אולם אז החלו גם לקום לו מתנגדים מקרב היהודים שהחלו לראות סכנה בדבריו והחלו לראות בו משיח שקר. בנוסף, הוא גם הסתבך בפוליטיקה האירופאית, שכן במאה ה-16 האפיפיורות לא הייתה מוסד דתי ורוחני בלבד, אלא גם גוף מדיני וצבאי, ועל כן היו מדינות שהתנגדו לה. באותה תקופה שתי ישויות פוליטיות קמו כנגד האפיפיור – מדינת ונציה והאימפריה הרומית הקדושה. יהודי ונציה בעצמם לא חיבבו במיוחד את מולכו והוא הוסגר עד מהרה על ידם לאינקוויזיציה המקומית. בהתערבות האפיפיור מולכו שוחרר, אך עד מהרה נתפס על ידי קיסר האימפריה הרומית הקדושה שהכריח אותו להמיר את דתו לנצרות. מולכו סירב והועלה על המוקד בשנת 1532. בכך הסתיימה אחת "הקריירות" המדהימות בעולם היהודי של אותה תקופה – תשע שנים בלתי נתפשות בחיי מומר אלמוני שהפך לשם מוכר ומהלך קסם ברחבי העולם היהודי, דמות שנכנסה ויצאה בשערי מלכים, רבנים ואפיפיורים, מהלך חיים קצר מועד שהסתיים בגיל 32 בלבד והשפיעה על דורות של מקובלים.
הריגתו של מולכו המקובל על מוקד האימפריה הנוצרית גרם ללא מעט מהיהודים להתחזק עוד יותר בתחושת הגאולה שלהם. כך לדוגמה, ר' יוסף קארו מחבר השולחן ערוך ככל הנראה נפגש עם מולכו כשזה שהה ביוון אחרי שנמלט מפורטוגל. לאחר הריגתו, כתב קארו ביומנו כי שאיפתו בחיים היא לזכות לאותו גורל מקודש כמו זה של מולכו ולהיות מועלה על המוקד הנוצרי למען העם היהודי. מולכו אם כן היה אדם צעיר וכריזמטי, שסיפור חייו סחף רבים מהיהודים להאמין שהגאולה קרובה, ובכך השפיע על דור שלם של אליטה יהודית – שהתגבשה בהמשך לקבוצה הידועה של מקובלי צפת, ששינתה את העולם היהודי לבלי הכר.